Původní tvar byl nejspíše Čekyně a utvořen byl od osobního jména Ček pomocí přípony -yně. Tak jako se tvary dočekati a sčekati proměnily ve tvary dočkati a sečkati, tvary do Čekyně a z Čekyně se proměnily na do Čkyně a ze Čkyně a odtud potom zevšeobecněl název Čkyně. Ves byla v minulosti rozdělena na dvě a v tom období byl rozšířen název Čkyně také jako plurale tantum. Kronika obce odvozuje jméno od slovesa čekati, jelikož v této osadě na významné obchodní stezce měli často čekat zásobní soumaři na kupecké vozy a jezdce. Spoluautor pamětní knihy obce Václav Starý ale pokládá tento výklad za nespolehlivý a přiklání se k odvození od osobního jména Ček.