Ve významu „dutinka ve včelím plástu“ doloženo poprvé k roku 1831. Vzniklo jako zdrobnělina nářečního slova buně — „vypouklý, vydutý předmět, bublina, komůrka“, zřejmě vzniklého ze slov báň, baňka téhož významu, a to dialektickou změnou kořenového a na o a posléze u. Ve významu biologickém se rozšířilo a do spisovného jazyka přešlo ve 2. polovině 19. století (doloženo k r. 1861). Původně se tak (resp. odpovídajícím latinským cellula) označovaly jen rostlinné buňky (tvořící komůrky ohraničené pevnými stěnami z celulózy.